ارائه ی یک روش جمعی وزن دار برای پیش بینی ساختار دوم rna

پیش بینی ساختار دوم آر ان ای نقش اساسی در پی بردن به عملکرد آن دارد. پیوند هیدروژنی میان اسید های نوکلیوتید سازنده یک رشته آر ان ای که زوج های پیوندی نامیده می شوند ساختار دوم آر ان ای را تشکیل می دهد. از آنجا که روش های تجربی برای تعیین این ساختار بسیار پرهزینه و زمان بر هستند، به کمک علم کامپیوتر ابزارهای گوناگونی برای پیش بینی آن طراحی شده است. در پنج سال اخیر تحقیقات گسترده ای جهت بهبود عملکرد ابزار های موجود انجام شده است اما با این وجود، نتیجه حاصل از آن ها چنان جامع و قابل قبول نبوده است. از این رو نظریه تازه ای در این زمینه مطرح شد که به اعتقاد آن می توان از نقاط قوت هر یک از این ابزارها استفاده نموده و یک پیش بینی کننده ترکیبی برای تعیین ساختار دوم آر ان ای ارائه داد. روال کار تنها روش ترکیبی ارائه شده مطابق با نظریه فوق به این صورت است که ساختار دوم یک رشته آر ان ای توسط همه ابزار های پیش بینی انتخاب شده جهت ترکیب، پیش بینی میشود. سپس با ترکیب نظر همه ابزار ها یک نتیجه گیری کلی مبنی بر چگونگی ساختار رشته مورد نظر به دست می آید. همچنین در روش فوق یک بردار وزن در نظر گرفته می شود که هر مولفه آن میزان تاثیر هر یک از ابزار ها بر نتیجه نهایی را مشخص می کند. روش پیشنهادی ارائه شده در این پایان نامه مشابه روش ترکیبی موجود عمل می کند با این تفاوت که نحوه ی وزن دهی در آن به گونه ی دیگری صورت می گیرد. در روش پیشنهادی به ازای هر رشته یک بردار وزن متناسب با همان رشته در نظر گرفته می شود. علاوه بر این برای محاسبه بردار وزن در روش پیشنهادی ویژگی های هر رشته نیز شرکت داده شده اند نکته ای که در ابزار های پیشین مورد توجه قرار نگرفته بود. نتایج حاصل از روش پیشنهادی این پایان نامه با روش ترکیبی موجود و همچنین بهترین ابزار های پیش بینی ساختار دوم آر ان ای به وسیله روش های آماری مورد مقایسه قرار گرفته است. مقایسات بیانگر برتری روش پیشنهادی در زمینه های مختلف نسبت به دیگر روش های موجود است.